Instalado no antigo Palácio de São Cristóvão, na Quinta da Boa Vista, que já foi residência da família real portuguesa e sede do Império do Brasil, o museu é um dos mais antigos e importantes da América Latina. Fundado em 1818, ele abrigava um acervo de mais de 20 milhões de itens antes do incêndio de 2018.
